در سال 1352 آیت‌الله مشکینی به دلیل فعالیت‌های انقلابی در قم و اردبیل توسط ساواک دستگیر و به مدت سه سال به ماهان استان کرمان تبعید شد. آیت‌الله مشکینی در دوران تبعید در ماهان علاوه بر برگزاری نماز جماعت و ارتباط مستمر با مردم این شهر و سایر شهرهای اطراف، تلاش زیادی در رسیدگی به مسائل دینی مردم داشت؛ که بر اثر همین فعالیت‌ها بعد از حضور وی در این شهر، امر تبلیغ و حضور طلاب و روحانیون در روستاها و بخش‌های این شهر بیشتر شد و با حمایت مادی و معنوی آیت‌الله مشکینی، بعضی از روستاها و حتی شهرهای کوچک استان کرمان که سال ها بود از دسترسی به یک روحانی جهت امور دینی محروم بودند، توانستند روحانی داشته باشند. همچنین وی فریضه نمازجمعه و دعای ندبه را در این شهر بنیان گذاشت و با برگزاری چنین برنامه‌هایی باعث شد مردم بیشتر در کنار یکدیگر قرار بگیرند و آگاهی آنها نیز از آنچه در کشور می گذشت بیشتر شود.